Mina Ashiro jatuh ke tangan Kaiju No. 9 yang muncul di Tachikawa. Kafka ingin segera pergi untuk menyelamatkannya, namun jalan menuju ke sana terhalang oleh para mega Kaiju yang muncul di berbagai lokasi di dalam kota Tokyo. Di tengah situasi genting itu, Kafka merasakan sinyal Kaiju baru, dan sosok yang tak terduga muncul di hadapannya!