Dua tahun berlalu sejak Kirito tiba di dunia fantasi misterius Underworld dan bertemu Eugeo. Mereka berdua yang telah meraih gelar pengabdi pedang elite di Akademi Kedisiplinan Pedang Centoria Utara, berlatih setiap harinya demi menjadi Integrity Knight, penegak hukum Human Empire.

Sebagai pengabdi elite, masing-masing diberikan ajudan yang membantu kegiatan sehari-hari; Ronye sebagai ajudan Kirito dan Tiese sebagai ajudan Eugeo. Mereka menikmati kehidupan sebagai pelajar di Akademi … sampai niat jahat seseorang menghancurkan semuanya.

Saat Ronye dan Tiese terperangkap dalam jebakan kejam bangsawan, Eugeo yang hendak menghunus pedang untuk menyelamatkan mereka berdua, terbelenggu oleh kepercayaannya terhadap Gereja dan merasakan sakit luar biasa menusuk mata kanannya. Ketika itu, suatu simbol aneh muncul.

Simbol berisi sebaris kalimat dalam bahasa sakral yang tak bisa Eugeo pahami: SYSTEM ALERT.