Misi dua orang shinobi dimulai! Jinzaburo si shinobi terakhir dan Heisuke si bocah nakal mendapatkan misi pertama mereka sebagai shinobi, yakni melindungi putri Hokusai Katsushika dari Gekka Bijin si Pembantai!! Sementara itu, bayangan besar yang akan menggetarkan era Bakumatsu mulai mendekati Jinzaburo dan lainnya!! Namanya adalah Ryouma Sakamoto!